Что-то упускаете из виду. На генератор приходит всего два провода - силовой плюс и управляющий. Как может генератор влиять на зажигание? По силовому явно не будет влиять. Могут быть утечки, но не включение зажигания. Теоретически только, если пробит управляющий выход на плюс. Тогда через цепи БЦМа может плюс попадать на цепи зажигания. Это чисто теоретически и маловероятно. Но в таком случае должно помочь как отключение силового плюса, так и отключение управляющего провода.
Если эта ситуация не постоянная, то может всё-таки в моторном жгуте потерта изоляция и коротит на силовой плюс какая-то цепь моторного?