На эталонных осциллограмах есть разница - инверсия сигнала ДПКВ. Соответственно и у вас получается, что с одним эталоном совпадает, а с другим - инверсно. ЭБУ может обрабатывать сигнал как по прежнему фронту, так и по заднему. Это одним только разработчикам известно.
Попробуйте ДПКВ не прикручивая, провернуть на 180 градусов.