Вот пояснения разработчиков Форскан по данному вопросу:
Для запуска функции конфигурации CC, нужно перейти в раздел Конфигурация и Программирование и выбрать и запустить функцию Центральная конфигурация. FORScan начнет загружать CC сначала из главного модуля, затем из запасного
Если запасной модуль не доступен по какой-либо причине (в большинстве случаев запасной модуль находится на шине MS-CAN, так что если адаптер не поддерживает MS-CAN, запасной модуль не будет доступен), FORScan покажет предупреждение, но не прервет выполнение функции. В этом случае пользователь сможет изменить CC только в главном модуле (изменения должны работать, просто не будут скопированы в запасной модуль)
какой адаптер Вы используете? может в нем проблема??