Проверьте по питанию наличие постоянных 12в при выключении зажигания.
Был такой случай когда умельцы, чтобы не разбираться с утечками, провесили постоянные 12в на зажигание. Как результат, не мог привязать мозги - после выключения зажигания не сохранялись настройки т.к. обрубалось и постоянное питание
Чем программируете? Если не Tech2 или MDI, можно такого напрограммировать что...