Все правильно при клонирование СS считать не нужно, Вы же ничего в прошивке не меняете. Но даже если что-то поменяли, при записи нормальный флешер придупредит, что CS не верна и уверены ли Вы, что хотите сделать кирпич.
Этому блоку должно быть без разницы в boot или bench. Есть подозрение что проблема с флешкой, если есть возможность подкинуть другую и с ней попробовать.