Я клонировал их тоже очень много и нюансы есть. Лично сталкивался, а не на форумах читал. Есть ЭБУ, когда записываешь сначала флеш, а за тем еепром, после записи висит нестираемая ошибка "ЭБУ". Почему-то рушится еепром. В таком случае помогает только комбиком, через bcf контейнер. В к-таг функция клонирования работает так же одним контейнером. Это сделано не просто так.