У проца нет своего епром. Все результаты своей работы он сохраняет во внешней. Я имею в виду, что это именно он делает изменения в епроме по какой-то причине, а не что-то туда "срет". Почти вся схемотехника основана на таком принципе: на заводе ставится чистая епром и чистый проц с бутлоадером, а потом по диагностике пишется проц, а он в свою очередь пишет в епром нужный конфиг.
Если я правильно понял у тебя есть рабочая панель, но когда ты делаешь ее клон то не работает? Я думаю, что проблема в том, что UPA не все данные вычитывает или пишет в проц.