Имхо. Если не знаете как снять, то что вы дальше с ней будете делать?
Всё это приходит с опытом. А если самостоятельно не разобраться как снимать плату....
Ну посмотрели. ШИМ не меняется. Так это и так понятно потому, что хрень, управляемая этим шимом, не работает. А это уже вопрос знаний. Или своим горбом или горбом учителя. Опять же имхо.
А если ему лет пять назад выкинули долбанную коробку и всунули механику? Например https://carmasters.org/topic/56428-audi-a6c5-25tdi-2003-ake-акпп-мкпп/ Что даст вин? А так carworker прав. Ищите откуда машина знает что механическая коробка не на передаче? Мы всё сделали правильно, а это вам электронику делать надо. Дай денег. Мы ж работали.
Может потому, почему и на родном блоке не включался. А раз не знаем почему, то нужно менять блок.
Наверное все блоки ЕБУ двигателя нерабочие. Надо ещё штук пять попробовать.