Зарядное, случаем, не было на аккумуляторе и компьютер питался от розетки? Если так было, то необходимо уравнивать потенциалы компьютера и автомобиля. Или делать гальванически развязанный USB вход. Сам думаю о такой проблеме. Пока нашел такую микросхему для изоляции ADUM4160. Надо пробовать сделать переходник.