При внешнем питании блока, gnd от программатора обязательно надо подключать, это общая масса, rx, tx, md0, reset, gnd, выкинуть один из проводов и писать уже не будет по uart, формат флеш должен быть в bin, размер зависит от процессора, но в bin имеем 3 размера дампа, 256кb,384kb,512kb,у криптованые файлов размер другой и расширение файла будет другим.