Ну тут я вижу два варианта -- либо само вращение двигателя его оживляет , либо просадка в момент старта.
Я бы всё-таки положил блок на стол , собрал простейшую обвязку для ЭБУ и пробовал его выводит на диагностику изменяя напряжение питания , отключая и включая напряжение клеммы 15 с разными интервалами.
Как давно удалена? Может при вскрытии что-то снесли или повредили. Дефект (так как все основное вроде проверено) указывает больше на неисправность ЭБУ.