Тыкался я с JLink ,смотри внимательно на адреса по которым записываешь, он не все пишет, мне пришлось из Full делать то что он просит записать, то есть только те адреса которые JLink может записать. Full больше по размеру,что он считал, а пишет меньше и только по конкретным адресам