А что говорит диагностика? Читали чем нибудь? Например Ford VCM. Питание на форсунки приходит? В этих фордах слабое место в проводке на самом двигателе, разрушается изоляция и могло быть КЗ, проверьте ключи управления форсунками в самом ЭБУ. От входных ножек разъема по дорожкам на плате выйдите на них.
Модуль зажигания вряд ли связан с управляющим импульсом на форсунки. Свою работу он выполняет.... машина работает.