Гадить в еепром драйвер дисплея будет вряд ли, но просаживать уровень SDA, SCL, может если умрет, можно легко проверить подключив к шине данных логический анализатор например. Процессор - master, а периферия(еепром, PCF8576DT) - slave, почитайте как работает шина I2C, чтобы таких вопросов не возникало.
Теоретически, при определенном повреждении кода программы, процессор может накидать мусора во внешнюю память, но в данном случае это мало вероятно, вы же сами пишете что при верификации прошивка совпадает, хотя не исключено что вы заливаете битую прошивку. Вообще если процессор запускается - должен быть обмен по I2C, это даже осциллографом можно наблюдать.
Если не затруднит, на внешний файлообменник продублируйте. Гляну в IDA когда время будет лишнее.
А если выложите и с этого процессора прошивку, full, буду премного благодарен.
memory map - это карта памяти, описывает назначение адресного пространства процессора. flash memory - это один из участков адресного пространства.
Вот вам datasheet, изучайте: https://www.dropbox.com/s/9volb9ofwx1k6tq/MC9S12C128V1.pdf?dl=0
MC9S12C128V1.pdf