ДЛя чистки нужно брать FLASH, в ней начиная с адреса 40000 и есть EEPROM то что до 40000 эта сама прошивка ее не трогать.
Справка из xprog
Partition0
Address Range Size
Block0 0x00000-0x1FFFF 128K bytes
Block1 0x20000-0x3F000 128K bytes
Partition1
Address Range Size
Block0 0x40000-0x43FFF 16K bytes
Block1 0x44000-0x47FFF 16K bytes
Partition2
Address Range Size
Block0 0x48000-0x4BFFF 16K bytes
Block1 0x4C000-0x4FFFF 16K bytes