Думаю, вот с этого нужно начать поиск проблемы и хотя бы определиться в какой части системы она лежит. При появлении этого момента- проверить сливы в обратку на форсунках, посмотреть ШИМ на клапане высокого давления (ЭБУ должен пытаться "запереть" его). Поставить на постоянной основе манометр в магистраль низкого давления на вход ТНВД (на время поиска и тестирования, пусть ездит с ним.) и кусок прозрачной трубки - для оперативного контроля воздуха в системе. Еще хочется увидеть цифры - давление в рампе, низкое давление, слив в обратку при прокрутке стартером.
Дайте плс. номер насоса и форсунки с вашего авто.