Программатор для FTDI Вам не нужен, все делается через USB программой MProg. Все необходимое есть у меня на сайте
И в этой ветке тоже лежит, только искать нужно.
А микросхема вылетела потому что подключили зарядник ноутбука к тому же авто что диагностировали, а гальванической развязки по USB в сканере нет, и так делать нельзя.