На этом моторе не обязательно перепрошивать, можно обойтись копеечной обманкой. Но в любом случае после того как заглушили ЕГР нужно или шить или обманывать ЭБУ иначе машина ехать небудет.
Произвести антибактериальную чистку системы кондиционирования, скорее всего забился дренаж и начали расти микроорганизмы которые и приводят к появлению неприятных запахов.
Почему не начать с самого простого , поключится на контур высокого и низкого давления и посмотреть на заведённом двигателе. То что систему несколько раз заправляли не говорит о том с то в системе присутствуе фреон в нужном количестве.
Глохнет на бензине или на газе? Если на газе то смотреть в сторону редуктора ГБО, недавно была подобная проблема решилось заменой р/к редуктора, мембраны были совсем дубовые.