Да, шестерню надо ставить по меткам. Ошибку на 1 зуб можно не заметить, но электронике не зватит места для регулировки. И как выше написали, проверить давление подкачки.

Надув может падать при отсечке топлива. Но обычно это после 4000об, если не изменяли прошивку.