Решил свою проблему. Проверил, не демонтируя из платы, работоспособность реле, коммутирующего SW-CAN, оказалось, что не замыкается одна пара контактов. После пропайки выводов реле все заработало.
А как именно решился вопрос? Я сейчас с аналогичной проблемой столкнулся - нет связи только по SW-CAN. Где-то с пайкой проблемы были, или все таки пришлось MC33897 менять?