ГЦС тут не причем, если бы он не работал то была бы ошибка 1607. Плюс даже с непрокаченным/плохо_прокаченным/неисправным_гцс сцеплением на не заведенном моторе передачи переключаются будут, на заведенном передачи переднего хода будут "утыкаться" и включаться не будут, задняя включится, но с диким хрустом и мотор как правило глохнет.
Правильно говорят, что геометрию обучают на вывешенной передней оси, тормоза отпущены. Процедура проходит в два этапа, сначала на заглушенном моторе определяются положения передач, потом мотор необходимо завести и пройдет процедура определения не помню каких параметров, что то связанное с синхронизаторами. После этого процедура обучения считается законченной.
ЗЫ, тормоза надо держать при адаптации точки схватывания.